在外界看来，交工乐队风头正劲，但林生祥们却心里清楚，裂痕正在乐队中蔓延。
2003年，乐队的合集录制未竞。因为对音乐的理解不同，贝司手钟成达和鼓手陈冠宇离队，“交工乐队”宣布解散。
在乐队刚解散的那段日子，林生祥开始大量聆听古典音乐，在静默中沉淀生命。钟永丰则步入政坛，辗转于台南各地。他们一年只能见面四五次，却以一种特别的方式延续着合作。钟永丰不时把歌词通过电子邮件发给林生祥。林生祥谱曲完成后，就打电话给钟永丰：“你想不想听音乐？”然后他就对着话筒轻声哼唱。
用了几个月时间，林生祥终于走出了交工乐队解散的阴影，而找寻新的音乐方向，他用了一两年甚至更长时间。2003年，他写出了新专辑的第一首歌《细妹，你看》—— 一首写给女朋友的情歌。林生祥说，在黑暗中摸索的时刻，是自然和爱情给了他勇气。后来，在新专辑的试听会上，为了表达感激和爱意，林生祥特意让朋友打电话给正在住院的女友，在电话里唱给她听。很少掉泪的女友，那次哭出了声。
2004年，专辑《临暗》发表。人们发现，这张专辑中除了有《细妹，你看》这样深情款款的情歌，同样延续了交工乐队的传统：关注现实。
在某种程度上，《临暗》堪称《菊花夜行军》的姊妹篇，它唱的是阿成返乡之前在城市的遭遇：工作辛苦、下班无助、居住环境恶劣、性苦闷，而失业之后还有被逼成为黑社会的可能，“兄弟今夜我们是，我们是社会问题，若是逼得走投无路，说不定会搞一条头条新闻。”
故事接续道来，宛如影像，而作为压轴的《细妹，你看》则把城市的孤寂与农村的温情对比，更凸显出对乡土深切的依恋和追怀。这张为都市劳工造像的专辑在2005年再得金曲奖三项大奖。
获奖并没有令林生祥感到太多意外，只是当他站在领奖台上，回忆起曾经的交工时代，鼓手阿达听到得奖，手一抖，把资料散落一地的情景，不禁百感交集。
用音乐种树的男人
林生祥说：“我每天睡到自然醒，然后帮妈妈做家务。”
2006年，在这样的状态下，林生祥推出了新专辑《种树》。这是一张真正回归安静的专辑。在接受采访时，林生祥坦言，他现在觉得“安静才是真正的力量”。
现实是嘈杂喧嚣的，但真正感人的力量总是来自安静。林生祥回忆，1999年夏天，在又一次“反水库”请愿运动失败后，玛姬台风来袭，不少路树在风雨中倒下。经营早餐店的古先生不忍看到家乡的狼藉景象，便开始将倒下的路树重新扶起、栽种，将折腰的路树锯枝、重整。每天在早餐店的生意结束后，古先生就一个人骑着机车，载着树苗，在美浓各地寻找适合的地方，撒下希望的种子。9年来，他种下了4000棵树，种树、浇水、修枝，成了他每天的例行公事。
林生祥跑到古先生家里采访，两人很快成为了朋友。几天之后，一首名为《种树》的歌曲完成。林生祥把它唱给周围的朋友听，听者无不动容。
“我是农民出身的歌手，总是想着用自己的音乐为农业做点事情。”专辑中的另一首《后生，好在有你》，就是写给台湾著名的“白米炸弹客”杨儒门的。2003年到2004年间，杨在台北无人的地方17次放置爆裂物，并留下“不要进口稻米，保护农民”等内容的字条。当时他的举动震惊社会，被外界称为“白米炸弹客”。
2007年6月16日，第18届台湾金曲奖在台北小巨蛋举行，它为林生祥第四次带来荣誉：最佳客语专辑，最佳词作、最佳客语歌手。但林生祥婉拒领奖。他说，奖项应以音乐类型来分、不该以族群语言区分，否则客语歌曲势必更加边缘化。
接下来，他决定捐出25万元台币的奖金给与农业有关的团体和个人，其中包括“白米炸弹客”杨儒门。
当杨儒门自首时，母亲就告诉林生祥，杨儒门是在为农家人出头。这话令他至今记忆犹新。林生祥说，杨儒门还有阿公要照顾，所以他决定捐出部分奖金，让他知道自己并不孤单，有很多人在关心他、关心台湾农业。
英国乐评人Paul Fisher在听完林生祥的音乐后，曾写下这样的评论：“我可以听见他声音中丰富的热情，他所唱的都是他坚定而清晰的信仰。”
在林生祥那把用了十几年的吉他上，贴着四张贴纸，分别是“我等就来唱山歌”、“WTO滚出去”、“支持媒体公共化”和“滚动的农业，声援杨儒门”。
问他为什么关心这些，他很平静地说：“其实就是我生活的一部分而已，我们当儿子的人，看到爸爸妈妈有什么样的状况，自然都会想办法去帮忙吧。”
林生祥的意思我懂。
或许就像此刻，他弹着吉他，演唱着《种树》。歌声像美浓的河水流淌在南岭山间。“你们喜欢这首歌吗？”一曲结束后林生祥问。说话时，他露出了笑容，孩子似的笑容。